Cagayan de Oro là một cửa ngõ của Bắc Mindanao cũng như của toàn đảo Mindnao, thành phố có giao thông đường bộ, đường không và đường thuỷ. Các hệ thống giao thông công cộng chính trong thành phố là taxi, jeepney, xe ba bánh trong Poblacion. Ngoài ra, còn có taxi đường sông sử dụng sông Cagayan de Oro để phục vụ người địa phương và du khách.

Cảng Cagayan de Oro tại Macabalan nằm gần cửa sông Cagayan de Oro, có chỗ thả neo sâu 18 m. Đây là hải cảng quốc tế và nội địa lớn nhất tại Mindanao.[18] Cảng Cagayan de Oro chuyên chở 1,399 triệu tấn hàng hoá trong quý đầu của năm 2016, đứng thứ ba toàn quốc sau hai cảng tại khu vực Manila. Cảng Cagayan de Oro (Cảng Macabalan) phục vụ các chuyến đi định kỳ đến Metro Manila, Cebu, Tagbilaran, Bacolod, Dumaguete, Iloilo và Jagna.

Sân bay Laguindingan (CGY) của Cagayan de Oro có các chuyến bay nội địa liên kết với Manila, Cebu, Iloilo, Davao, Bacolod, Zamboanga, Dumaguete, Tagbilaran, và Clark tại Angeles. Sân bay nằm trên địa điểm có diện tích hơn 4 km² tại Barangay Moog, Laguindingan, Misamis Oriental, cách 46 km về phía tây bắc của Cagayan de Oro.[19] Sân bay được khánh thành vào năm 2006 bởi Tổng thống Gloria Macapagal-Arroyo, bà tán thành ý tưởng về một sân bay quốc tế dọc theo hành lang Cagayan de Oro-Iligan,[20].

Thành phố có hai bến xe khách là bến xe khách tích hợp hướng đông, còn gọi là Market City, và bến xe khách tích hợp hướng tây, còn gọi là bến xe Jeepney. Bến xe hướng đông có các chuyến xe định kỳ đến các khu tự quản phía đông của Misamis Oriental và phần phía đông của Mindanao như Balingoan và Gingoog, miền trung và miền nam Mindanao. Bến xe hướng tây có các chuyến đi định kỳ đến các khu tự quản phía tây của Misamis Oriental hay miền tây của đảo Mindanao như Iligan, Marawi, Zamboanga.

Thành phố có bốn đại học/cao đẳng tư nhân lớn: Đại học Capitol, Đại học Liceo de Cagayan, Cao đẳng Lourdes Cagayan de Oro, và Đại học Xavier – Ateneo de Cagayan. Đại học Khoa học và Kỹ thuật Nam Philippines là trường đại học công lập duy nhất trong thành phố.[21]